地衣芽孢杆菌在水产养殖中起着以下作用：

1. 保护水质：地衣芽孢杆菌具有降解有机废物和传统饲料的能力，可以帮助减少废物和残留物的积累，改善水质。它能分解鱼类和其他生物代谢产生的废物，将其转化为无害的物质，从而降低氨、亚硝酸盐等有害物质的含量，减少养殖水体的污染。

2. 促进饲料消化吸收：地衣芽孢杆菌能分泌一系列酶类，如纤维素酶和淀粉酶，能够帮助消化和分解饲料中的纤维素和淀粉等复杂碳水化合物，使其更易于被鱼类吸收利用。这有助于提高饲料的利用率和生长效益。

3. 增强免疫力：地衣芽孢杆菌通过分泌活性物质，如多肽、抗菌肽等，可以增强鱼类的免疫力，提高其抵抗病原微生物的能力。它还可以激活鱼类的非特异性免疫系统，增加其抗病能力，减少疾病的发生率。

4. 降低病原微生物数量：地衣芽孢杆菌具有一定的抗菌作用，可以与一些病原微生物竞争营养和空间资源，抑制它们的生长繁殖，从而减少水产养殖中病害的发生。

5. 提高养殖效益：地衣芽孢杆菌的应用可以增加鱼体的营养价值，提高鱼肉的品质和口感，增加养殖产品的附加值。同时，它还可以促进鱼类的生长速度和产量，提高养殖效益。

需要注意的是，在使用地衣芽孢杆菌时，应根据具体情况选择适当的产品和使用方法，并遵循科学指导，以确保其良好的效果和安全性。万邦微生物菌剂